La recherche et le développement représentent une source d'innovation constante pour SEANEO.

La conduite et la participation à des programmes de recherche permettent à SEANEO de maintenir un haut niveau de veille technologique et de proposer des outils d'investigation et d'interprétation toujours plus performants.

SEANEO propose un soutien humain, scientifique et technique, dans le développement de nouvelles technologies et de nouveaux procédés pour la valorisation de l'environnement littoral et marin, de l'aquaculture et de la pêche. La clé du succés dans ce type de projets réside dans la mise en adéquation de la ressource d’origine avec les procédés de transformation et les marchés visés. 

SEANEO intervient notamment dans les biotechnologies et la valorisation des ressources marines (poissons, crustacés, macroalgues) pour le développement durable (étude de faisabilité, assistance technique et analytique pour les nouveaux procédés, démarche qualité, sourcing de molécules).

SEANEO a également développé diverses techniques innovantes d'acquisition de données.

SEANEO est agréé par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche en tant qu’organisme exécutant des travaux de recherche et développement (R&D). L’agrément reconnaît la capacité de SEANEO à mener des travaux de R&D éligibles au titre du Crédit d’Impôt Recherche (CIR).